پس از آن که وزارت دفاع جمهوری آذربایجان ادعای اخیر فرمانده نیروی زمینی ارتش جمهوری اسلامی را درباره حضور «اسرائیل و نیروهای داعش» در خاک جمهوری آذربایجان «افترا و تهمتی زشت» خواند، جمهوری اسلامی خواستار توضیح آذربایجان درباره همکاری با اسرائیل شد.
ناصر کنعانی، سخنگوی وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی، روز جمعه ۱۱ فروردین ادعا کرد اظهارات وزیر امور خارجه اسرائیل مبنی بر توافق با وزیر امور خارجه آذربایجان در مورد «تشکیل یک جبهه متحد علیه ایران» سندی از تصمیم اسرائیل برای «تبدیل خاک جمهوری آذربایجان به عرصه تهدید علیه امنیت ملی جمهوری اسلامی» است.
کنعانی از مقام‌های جمهوری آذربایجان خواست در این زمینه توضیح دهند.
این در حالی است که وزارت دفاع جمهوری آذربایجان روز پنج‌شنبه ۱۰ فروردین در بیانیه‌ای، به اظهارات اخیر کیومرث حیدری، فرمانده نیروی زمینی ارتش جمهوری اسلامی پاسخ داد.
حیدری گفته بود که در قفقاز «چندین موضوع بسیار حساس» وجود دارد که یکی از آن‌ها حضور اسرائیل «در داخل مرزهای» آذربایجان است و به گفته او، جمهوری اسلامی چنین حضوری «را در کشورهای منطقه تحمل نمی‌کند و با آن مقابله خواهد کرد.»
وزارت دفاع جمهوری آذربایجان در بیانیه خود سخنان حیدری را «چرندیات» خواند و نوشت: «کیومرث حیدری مدعی است آذربایجان در جنگ ۴۴ روزه از تروریست‌های داعشی که از سوریه آورده شده بودند استفاده کرده و آن‌ها هنوز در این کشور هستند.»
اشاره بیانیه به این ادعای حیدری است که گفته بود: «تعدادی از تروریست‌های داعشی از سوریه به میزبانی یکی از کشورهای طرف تخاصم به منطقه دعوت شدند و جمهوری اسلامی هنوز اطمینان حاصل نکرده که این‌ها منطقه را ترک کردند.»
در ادامه این بیانیه آمده است: «ابتدا اعلام می‌کنیم اتهام طرف ایرانی مبنی بر حضور هر گونه نیروی خارجی در خاک جمهوری آذربایجان بی‌اساس و کاملا غیر قابل قبول است. در کل هیچ عنصر خارجی‌ای در خاک این کشور وجود ندارد.»
وزارت دفاع جمهوری آذربایجان با تاکید بر این که «ارتش سرافراز آذربایجان به تنهایی سرزمین‌های ما را از اشغال آزاد کرد»، ادعای فرمانده نیروی زمینی ارتش جمهوری اسلامی را «یک اتهام و تهمت پوچ» خواند.
این بیانیه همچنین اضافه کرد: «مایه استهزا و خنده‌دار است که این اتهام از سوی مقام نظامی ارشد کشوری علیه جمهوری آذربایجان مطرح می‌شود که خود حامی تروریسم است و نامش در کشورهای مختلف با ترور گره خورده است.»
وزارت دفاع جمهوری آذربایجان همچنین به اظهارات حیدری درباره جنگ باکو و ارمنستان هم اشاره کرده که در آن، این فرمانده ارتش جمهوری اسلامی، تغییر در مرزهای دولتی در منطقه را «غیر قانونی» خوانده و گفته بود ایران «اجازه تغییر مرز در کشورهای همسایه» را نمی‌دهد.
این بیانیه، ایران و فرانسه را «دو متحد اصلی ارمنستان در جهان» خواند و گفت ارمنستان ۳۰ سال سرزمین‌های آذربایجان و ۱۳۲ کیلومتر مرز دولتی آذربایجان و ایران را «اشغال» کرد اما جمهوری اسلامی نه تنها حتی یک بار هم ارمنستان را متهم نکرد بلکه «روابط برادری خود را هم با ارمنی‌ها» قوی‌تر کرد.
روابط جمهوری اسلامی ایران و جمهوری آذربایجان در ماه‌های اخیر و به ویژه پس از ماجرای حمله مسلحانه به سفارت آذربایجان در تهران و کشته شدن رییس تیم امنیتی سفارت، تیره شده است.
بهمن ماه سال گذشته به سفارت جمهوری آذربایجان در تهران حمله شد که باکو آن را «تروریستی» خواند و سفارت خود را در ایران بست.
جنگ شش هفته‌ای جمهوری آذربایجان و ارمنستان بر سر منطقه ناگارنو - قره‌باغ در پاییز ۱۳۹۹ نیز یکی از عوامل تنش‌زا در روابط جمهوری اسلامی با همسایگان خود بوده است.