دور جدید تنش‌ها میان جمهوری اسلامی و جمهوری آذربایجان پس از سخنان یک فرمانده ارتش جمهوری اسلامی درگرفته و دو طرف اتهاماتی را متوجه یکدیگر می‌کنند.
ناصر کنعانی، سخنگوی وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی، صحبت‌های تازه سخنگوی وزارت امور خارجه جمهوری آذربایجان علیه تهران را «مهر تایید ضمنی» بر سخنان وزیر امور خارجه اسرائیل مبنی بر «تشکیل جبهه متحد علیه ایران» با این کشور تلقی کرد.
کنعانی در توییتی نوشت که از دولت جمهوری آذربایجان خواسته تا درباره سخنان وزیر امور خارجه اسرائیل مبنی «تشکیل جبهه متحد علیه ایران» با این کشور توضیح دهد اما «سخنگوی وزارت امور خارجه آذربایجان طفره رفت و سراغ اتهام‌زنی‌های جدید علیه ایران رفت.»
سخنگوی وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی نوشت که آیا «تداوم سکوت» جمهوری آذربایجان، «مهر تایید ضمنی بر اظهارات شریک استراتژیک باکو (اسرائیل) نیست؟»
کنعانی پیش از این خواستار توضیح جمهوری آذربایجان درباره سخنان الی کوهن، وزیر امور خارجه اسرائیل، در دیدار با جیحون بایراموف، همتای آذربایجانی او شده بود.
همچنین، وزارت خارجه جمهوری اسلامی اعلام کرد که در پی تداوم اقدامات «توهین‌آمیز» برخی رسانه‌های جمهوری آذربایجان، سفارخانه جمهوری اسلامی در باکو با ارسال یادداشتی به وزارت خارجه جمهوری آذربایجان نسبت به «عواقب منفی و خسارت بار بداخلاقی‌های رسانه‌ای بر مناسبات دو کشور» هشدار داد.
در مقابل آیخان حاجی‌زاده، سخنگوی وزارت امور خارجه جمهوری آذربایجان، روز جمعه ۱۱ فروردین اعلام کرد که وی تصریح کرده آذربایجان هرگز اجازه نداده از خاک سرزمینش علیه کشورهای ثالث استفاده شود.
بایراموف روز ۹ فروردین در نخستین سفر رسمی خود به اسرائیل سفارت این کشور در تل‌آویو را افتتاح کرد.
در این دیدار کوهن گفت که دو کشور با «تهدیدهای یکسان روبه‌رو هستند» و «درک دو کشور از تهدیدات ایران نیز مشترک است».
سخنگوی وزارت امور خارجه جمهوری آذربایجان در سخنان روز جمعه خود همچنین گفت که نشانه‌ها و دلایل اولیه حاکی از دست داشتن جمهوری اسلامی در ترور فاضل مصطفی، نماینده پارلمان این کشور است.
حاجی‌زاده این اقدام و اتفاقات دیگر از جمله رزمایش و انجام پروازهای نظامی در مرز، ضبط و پخش فیلم‌های تهدیدآمیز علیه جمهوری آذربایجان در نزدیکی پل خداآفرین و حمله به سفارت جمهوری آذربایجان در تهران را نشانه افزایش تهدیدات جمهوری اسلامی علیه همسایه شمالی خود خواند.
تنش در روابط دو کشور پس از انتشار ویدیویی از کیومرث حیدری، فرمانده نیروی زمینی ارتش افزایش یافته است. حیدری در این ویدیو می‌گوید حضور نیروهای «اسرائیل و داعش» در جمهوری آذربایجان بار دیگر افزایش یافته است.
وزارت دفاع جمهوری آذربایجان سخنان فرمانده نیروی زمینی ارتش جمهوری اسلامی را «افترا و تهمتی زشت» خواند و تاکید کرد: «مایه استهزا و خنده‌دار است که این اتهام از سوی مقام نظامی ارشد کشوری علیه جمهوری آذربایجان مطرح می‌شود که خود حامی تروریسم است و نامش در کشورهای مختلف با ترور گره خورده است.»
همزمان با این تنش‌ها رسانه‌های جمهوری آذربایجان خبر دادند که فرید صفرلی، دانشجوی تبعه این کشور در آلمان حدود یک ماه پیش به ایران سفر کرده و از آن تاریخ اطلاعی درباره وضعیت او وجود ندارد.
دلارا علسگروا، مادر فرید صفرلی، در مصاحبه‌هایی گفته که پلیس آلمان از طریق کامپیوتر پسرش اطلاعات یک دختر در ایران را که با پسرش در تماس بوده به دست آورده و خود او نیز به ایران سفر کرده اما نتوانسته اطلاعاتی از وضعیت پسرش به دست بیاورد.
روابط جمهوری اسلامی ایران و جمهوری آذربایجان در ماه‌های اخیر و به ویژه پس از ماجرای حمله مسلحانه به سفارت آذربایجان در تهران و کشته شدن رییس تیم امنیتی سفارت، تیره شده است.
بهمن ماه سال گذشته به سفارت جمهوری آذربایجان در تهران حمله شد که باکو آن را «تروریستی» خواند و سفارت خود را در ایران بست.