امید نوری پور، رهبر حزب سبز آلمان، با اشاره به اقدام‌های مرکز اسلامی فرانکفورت در تهدید مخالفان جمهوری اسلامی در این کشور و ارتباط این موسسه با مرکز اسلامی هامبورگ، این دو مرکز را تهدیدی برای دموکراسی آلمان خواند و خواستار تعطیلی فوری آنها شد.
رهبر حزب سبز آلمان در حساب اکس خود نوشت: «مرکز فرهنگ اسلامی فرانکفورت منتقدان حکومت ایران را تهدید می‌کند، نقش دستگاه پروپاگاندای رژیم ایران را دارد و با مرکز اسلامی هامبورگ روابط نزدیکی دارد. این دو مرکز دموکراسی ما را تهدید می‌کنند و باید فوری تعطیل شوند.»
یورگوت یوکسل، نماینده فرانکفورت در پارلمان ایالتی، به روزنامه فرانکفورتر روندشاو گفت: «اگر ثابت شود مرکز اسلامی فرانکفورت با رژیم ایران ارتباط دارد، چنین سازمانی نباید هیچ مبنایی برای فعالیت سیاسی و مذهبی در آلمان داشته باشد، مگر اینکه آنها رسما از رژیم خودکامه ایران اعلام برائت کنند و اقدام‌های آن علیه مخالفان را محکوم کنند.»
به گفته دفتر محافظت از قانون اساسی ایالت هسن آلمان، اقدام‌های مرکز اسلامی فرانکفورت همچون برگزاری مراسم یادبود قاسم سلیمانی در سال ۲۰۲۰ و برگزاری مکرر مراسم سالگرد خمینی نشان می‌دهد این مرکز همسو با سیاست‌های جمهوری اسلامی عمل می‌کند.
دبیر اتحادیه دموکرات مسیحی آلمان نیز گفت اگر مشخص شود مرکز اسلامی فرانکفورت بر خلاف قانون اساسی آلمان یا بر خلاف نظم بین‌المللی فعالیت می‌کند، باید ممنوعیت آن مورد بررسی قرار گیرد.
مقام‌ها و کنشگران سیاسی آلمان علاوه بر مرکز اسلامی فرانکفورت، به اقدام‌های مرکز اسلامی هامبورگ نیز، که با نام‌های «مسجد آبی» و «مسجد امام علی» نیز شناخته می‌شود، معترض هستند. دستگاه امنیت داخلی آلمان در گزارش‌های متعدد خود هشدار داده که مرکز اسلامی هامبورگ ایدئولوژی شیعه جمهوری اسلامی را نشر می‌دهد.
معا‌ون این مرکز هم در ماه نوامبر به اتهام ارتباط با اعضای حزب‌الله لبنان که در آلمان گروه تروریستی محسوب می‌شود از این کشور اخراج شد.
در تیرماه ۱۴۰۰، اداره امنیت داخلی هامبورگ به اسناد جدیدی دست یافت که نشان می‌داد «مرکز اسلامی هامبورگ» نه فقط برخلاف ادعایش، وابسته به حکومت ایران است، بلکه به «یکی از مهم‌ترین نهادهای رژیم ایران در اروپا» تبدیل شده است.
اداره امنیت داخلی هامبورگ، موسوم به «نهاد حمایت از قانون اساسی»، در گزارشی چند صفحه‌ای نوشت مرکز اسلامی هامبورگ، برخلاف ادعایش، غیرسیاسی نیست و پایگاهی است که مستقیما از تهران دستورالعمل می‌گیرد.
در گزارش این نهاد اطلاعاتی تاکید شد که هدف از فعالیت‌های این مرکز «صدور انقلاب اسلامی» در جهان است و این مسجد با گروه حزب‌الله لبنان نیز در ارتباط است.
نهاد اطلاعاتی هامبورگ پیش از این و در سال ۲۰۱۹ نیز در گزارشی اعلام کرده بود حدود ۳۰ مسجد و مرکز فرهنگی در آلمان به گروه حزب‌الله لبنان وابستگی دارند.
بر اساس این گزارش که آن زمان در روزنامه تاگس‌اشپیگل منتشر شد، گروه حزب‌الله از یک مرکز در برلین و همچنین چند مرکز دیگر در نقاط مختلف آلمان برای جذب نیرو و تامین مالی تروریسم و همچنین خرید تسلیحات بهره می‌برد.
این گزارش تاکید کرده بود که حزب‌الله لبنان «از آلمان به عنوان محلی برای قاچاق مواد مخدر، خرید و فروش خودروهای مسروقه و پولشویی استفاده می‌کند و مدارک شرکت این گروه در تجارت مواد مخدر موجود است.»
در گزارش آژانس اطلاعاتی هامبورگ شرح داده شده بود که اصلی‌ترین راه‌های حزب‌الله لبنان برای قاچاق مواد مخدر، از آمریکای جنوبی و آفریقا به سوی اتحادیه اروپاست و کوکائین در آلمان به طور عمده، از طریق بنادر آمستردام در هلند، آنتورپ در بلژیک، و هامبورگ به آلمان وارد می‌شود.