مصطفی معین، وزیر علوم در دولت محمد خاتمی، به مناسبت سالگرد حمله به کوی دانشگاه تهران در تیر ماه ۱۳۷۸ گفت که این حمله «یک حمله مغول‌وار» بود. او تایید کرد شبانه به دانشجویان، حتی دانشجویان خارجی ساکن کوی حمله کردند، دست و پای آن‌ها را شکسته و حتی از بام به پایین پرتاب کردند.
معین که در دولت‌های اکبر هاشمی رفسنجانی و خاتمی وزیر علوم بود، در گفت‌وگویی با خبرآنلاین که در آستانه سالگرد این حمله منتشر شد، گفت که دانشجویان «قربانی» شدند.
وزیر پیشین علوم تاکید کرد: «حوادث کوی دانشگاه می‌توانست اتفاق نیفتد چرا که دلیلی برای آن وجود نداشت.»
او افزود: «گناه دانشگاه و دانشجو چه بود؟ این بود که در صحنه بودند و در دوم خرداد آن حماسه را خلق کردند و برای آن که تحول رخ بدهد، پیشتاز بودند.»
حمله به کوی دانشگاه تهران به مجموعه ناآرامی‌ها و درگیری‌هایی انجامید که طی روزهای ۱۸ تا ۲۳ تیر ۱۳۷۸ و به دنبال توقیف روزنامه سلام میان دانشجویان و نیروهای انتظامی و بسیجی‌های موسوم به لباس شخصی‌ها شکل گرفت.
۱۵ تیر ۷۸، روزنامه سلام یک نامه محرمانه از سعید امامی، مقام ارشد وزارت اطلاعات و متهم در قتل‌های زنجیره‌ای را که به قربانعلی دری نجف‌آبادی، وزیر وقت اطلاعات نوشته بود، منتشر کرد.
امامی در این نامه خواستار اعمال محدودیت‌هایی علیه مطبوعات شده بود.
چاپ این نامه باعث شد دادگاه ویژه روحانیت این روزنامه را توقیف کند.
در جریان حمله به کوی دانشگاه، چند نفر کشته و بسیاری از دانشجویان نیز زخمی و بازداشت شدند.
مجموعه فعالان حقوق بشر در ایران پس از حادثه ۱۸ تیر تعداد کشته‌شدگان حمله به کوی دانشگاه را هفت نفر اعلام کردند که تنها هویت دو نفر مشخص شد.
تلاش برای دادخواهی و سوال خانواده‌های قربانیان و دانشجویانی همچون سعید زینالی که سرنوشتشان هنوز مشخص نیست، پرونده این سرکوب جریان دانشجویی در دهه ۷۰ را همچنان باز نگه داشته است.
رضا حاجی‌حسینی، روزنامه‌نگار، به بهانه اشارات مصطفی معین به وقایع کوی دانشگاه به ایران‌اینترنشنال گفت که با این ماجرا، فصل جدیدی از اعتراضات در ایران و همچنین فصل جدیدی از سرکوب اعتراضات در ایران آغاز شد.
او تاکید کرد «شکل عریان سرکوب در خیابان‌ها» در جریان این اعتراضات همچنان در خاطره‌ها باقی مانده است.
شاهزاده رضا پهلوی به مناسبت بیست‌وپنجمین سالگرد حمله به کوی دانشگاه نوشت: «دانشجویان و مردم نقطه عطفی تاریخی را در مبارزه برای سرنگونی جمهوری اسلامی رقم زدند.»
او افزود: «آمران و عاملان این جنایت بدانند که پرونده آن هنوز باز است و روزی در یک دادگاه ملی به آن رسیدگی خواهد شد.»
معین در ادامه گفت‌وگوی خود با خبرآنلاین درباره وقایع کوی دانشگاه گفت: «انگار رفتار دانشجوها گناه بزرگی بود چرا که سبب شد خیلی از معادله‌ها به هم بریزد. به همین دلیل از همان اول دولت اصلاحات برخوردها و بحران‌های هر ۹ روز یک بار شروع شد و بعد کار به کوی دانشگاه رسید که باید زهر چشم گرفته می‌شد.»
وزیر وقت علوم در زمان حمله به کوی دانشگاه، افزود: «این رفتار اشتباه بود. می‌شود گفت یک حمله مغول‌وار بود که صورت گرفت و خسارت داد. جنبش دانشجویی دچار رکود شد و دانشگاه به انفعال افتاد. خسارت‌های روانی و اجتماعی معمولا بلند مدت است. این‌طور نیست که در کوتاه مدت تمام شود.»
معین تاکید کرد اعتراضات دانشجویی پس از مدتی فروکش می‌کند و هیچ دلیلی نداشت که یک اعتراض دانشجویی تبدیل به بحران ملی شود: «این بحران به آموزش عالی و جنبش دانشجویی تحمیل شد.»
این مقام مسوول در جمهوری اسلامی که در انتخابات سال ۱۳۸۴ پس از رد صلاحیت، با حکم حکومتی علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در انتخابات ریاست جمهوری نامزد شد و شکست خورد، به تازگی اعلام کرد که در انتخابات اخیر شرکت نکرده است.
او در کانال تلگرام خود نوشت: «من در اعتراض به ساختار استصوابی انتخابات که آن را ناعادلانه و غیرآزاد می‌دانستم و تحلیلی که نسبت به چشم‌انداز آینده داشته‌ام، نه در مرحله اول و نه در مرحله دوم این انتخابات شرکت نکردم.»
او هم‌زمان چندین خواسته از مسعود پزشکیان به عنوان برنده انتخابات زودهنگام ریاست‌جمهوری ۱۴۰۳ مطرح کرد؛ از جمله، «پیگیری جدی لغو حصر خانگی» میرحسین موسوی، زهرا رهنورد و مهدی کروبی، «آزادی زندانیان سیاسی و رفع موانع بوروکراتیک و غیرقانونی فعالیت سازمان‌های جامعه مدنی بر پایه اصول قانون اساسی» و «پیگیری لغو گشت ارشاد و پایان خشونت و اهانت به زنان و دختران و جوانان ایرانی».