بر اساس تحقیق جبهه متحد ملی افغانستان که ایران‌اینترنشنال به نسخه‌ای از آن دست یافته، جمهوری اسلامی در چارچوب توافقی پنهانی با طالبان و القاعده، متعهد شده است هزینه اسکان و آموزش جنگجویان القاعده در افغانستان و همچنین هزینه عملیات این گروه در خاورمیانه را بپردازد.
در این سند آمده است اسماعیل قاآنی، فرمانده نیروی قدس سپاه پاسداران، یک نماینده ارشد طالبان و سیف العدل، رهبر فعلی گروه القاعده، در مهرماه ۱۴۰۰ در مکانی پنهانی در تهران با یکدیگر ملاقات و توافق کردند که تمام شاخه‌های القاعده و گروه‌های وابسته به سپاه در خاورمیانه و آفریقا با یکدیگر همکاری کنند.
بر اساس این تحقیق، در این جلسه پنهانی توافق شد طالبان در افغانستان فضا و ابزار لازم را برای آموزش جنگجویان القاعده را فراهم کند و در سوی مقابل، سپاه پاسداران هزینه‌های این گروه را در افغانستان پوشش دهد و تامین مالی عملیات القاعده در منطقه را بر عهده بگیرد.
به گفته جبهه متحد ملی افغانستان، این نخستین دیدار حضوری ثبت شده این سه مقام ارشد سپاه، طالبان و القاعده بوده است.
پیش از این گزارش‌های متعددی از روابط نزدیک حکومت ایران و القاعده منتشر شده بود.
وزارت امور خارجه آمریکا در اسفند ۱۴۰۲ به ایران‌اینترنشنال گفت جمهوری اسلامی دست‌کم از سال ۲۰۰۹ به القاعده اجازه داده تا فعالیت‌های تروریستی خود را از راه یک خط ارتباطی کلیدی از طریق ایران تسهیل و بودجه و جنگجویان خود را به جنوب آسیا، سوریه و نقاط دیگر منتقل کند.
به گفته وزارت امور خارجه آمریکا، جمهوری اسلامی همچنان به ارائه پناهگاه امن به رهبران ارشد القاعده در خاک ایران ادامه می‌دهد.
جبهه متحد ملی افغانستان در تحقیق خود گفته است که به‌دنبال جلسه فرمانده نیروی قدس سپاه با نمایندگان القاعده و طالبان، میان حوثی‌های یمن و القاعده در شبه جزیره عربستان صلح برقرار شد و این توافق هنوز هم پایدار است.
همکاری القاعده با گروه‌های متحد جمهوری اسلامی در سوریه، عراق و لبنان، از جمله حزبالله یکی دیگر از نتایج این دیدار بوده که اکنون عملیاتی شده است.
روزنامه تلگراف روز ۱۵ اردیبهشت از گسترش همکاری‌های حوثی‌ها و شاخه القاعده در یمن خبر داد. بنا بر این گزارش، حوثی‌ها به القاعده که پیش‌تر دشمن آن‌ها به شمار می‌آمد، سلاح و پهپاد می‌دهند و دو طرف به تبادل زندانیان اقدام کرده‌اند.
جبهه متحد ملی افغانستان همچنین در تحقیق خود خبر داد در پی تحولات مهرماه ۱۴۰۰ در تهران، عضوگیری و شمار مراکز آموزشی القاعده در افغانستان به طرز قابل توجهی افزایش یافته است.
بر اساس این تحقیق، تقویت توانایی‌های مالی القاعده باعث شده است که این گروه بتواند خانه‌ها و اردوگاه‌های بیشتری برای آن دسته از اعضای این گروه که از خاورمیانه و آفریقا راهی افغانستان شده‌اند، احداث کند.
سازمان ملل متحد در بهمن‌ماه ۱۴۰۱ در گزارشی اعلام کرد تصور می‌شود سیف العدل، رهبر القاعده برای سال‌ها در ایران تحت حفاظت جمهوری اسلامی به فعالیت خود ادامه داده است.
حسین امیرعبداللهیان، وزیر امور خارجه پیشین جمهوری اسلامی سکونت سیف العدل در ایران را انکار کرد و انتشار اخباری از این دست را «ایران‌هراسی» خواند.
به گفته جبهه متحد ملی، اسماعیل قاآنی، فرمانده سپاه قدس پس از دیدار با نماینده طالبان در تهران در مهر ۱۴۰۰، از قدرت گرفتن مجدد آنان در افغانستان ابراز خشنودی کرد و گفت: «ما کار بزرگی انجام دادیم و اکنون باید آمریکایی‌ها را از خاورمیانه بیرون کنیم.»
ایران‌اینترنشنال نمی‌تواند به طور مستقل تحقیق جبهه متحد ملی افغانستان را تایید کند.
کابل، پایتخت افغانستان روز ۲۴ مرداد ۱۴۰۰ به دست نیروهای طالبان افتاد و این گروه پس از ۲۰ سال مجددا قدرت را در این کشور به دست گرفت.