با گذشت دو ماه از سقوط بالگرد و مرگ ابراهیم رئیسی و همراهانش، روزنامه هم‌میهن در گزارشی با اشاره به اینکه هنوز این پرونده به نتیجه «متقن یا قابل انتشاری» نرسیده، نوشت تاکنون به تمام ابهامات پاسخ داده نشده و درباره سانحه اما و اگرهایی وجود دارد.
هم‌میهن با بیان این که گزارش پیاده‌سازی مکالمات ضبط‌شده بین خلبانان گروه پروازی حاکی از آن است که از آخرین تماس با خلبانان بالگرد تا زمان وقوع حادثه و پاسخ ندادن آنها تنها ۶۹ ثانیه طول کشیده و در این مدت هم هیچ‌گونه اعلامی مبنی بر وضعیت اضطراری ضبط نشده، نوشت که مشخص نیست در این ۶۹ ثانیه چه اتفاقی رخ داده که حتی اعلام وضعیت اضطراری هم نشده یا فرصتی برای آن نبود.
نویسنده این مطلب با بیان اینکه در دومین گزارش هیات عالی بررسی ابعاد و علل سانحه سقوط بالگرد، به گزارش هواشناسی ۳۰ اردیبهشت مبنی بر مساعد بودن هوا و متناسب بودن آن با شرایط پرواز با دید تا مقصد اول و دوم تا ساعت ۸:۵۰ صبح روز حادثه اشاره شده، افزود: «در این گزارش تصریح شده هوای مسیر برگشت با توجه به دریافت آخرین اسناد دریافتی و اظهارات خلبانان و سرنشینان دو بالگرد دیگر نیاز به بررسی بیشتر دارد.»
هم‌میهن در ادامه به برخی شایعات که گفته نمی‌تواند آنها را مستقلا تایید یا رد کند اشاره کرده و نوشته درحالی‌که بر اساس پروتکل‌های امنیتی، یکی دو بالگرد اسکورت باید بالگرد حامل رییس‌جمهوری را همراهی می‌کردند، بالگرد حامل رئیسی و همراهانش فاقد اسکورت بوده است.
این گزارش حضور مقامات با بالگرد در نقطه صفر مرزی را بزرگ‌ترین خطای امنیتی می‌داند.
نهاد مسوول بررسی دلایل سقوط بالگرد رئیسی، روز نهم خرداد ۱۴۰۳ با انتشار گزارشی تازه «وقوع انفجار ناشی از خرابکاری در جریان پرواز و لحظات قبل از برخورد به دامنه ارتفاعات» را منتفی دانست.
در گزارش دوم ستاد کل نیروهای مسلح گفته شد که در بررسی‌های انجام‌شده «اشکالی که به لحاظ تعمیرات و نگهداری بتواند در وقوع سانحه موثر باشد مشاهده نشده» کما اینکه «ظرفیت مجاز بالگرد» رعایت شده بود.
محمدصالح نقره‌کار، حقوق‌دان و وکیل دادگستری، با ارجاع به دو گزارش ارائه‌شده هیات کارشناسی، گفت: «به نظر می‌رسد هنوز این گزارش‌ها قابلیت اقناعی نداشته و ابهامات ماجرای سقوط بالگرد رییس‌جمهور با سوالات بی‌جوابی از ناحیه افکار عمومی مواجه است و به همین دلیل هم احتمالاً این پرونده همچنان مفتوح است.»
نقره‌کار موضوع قدیمی بودن بالگرد «بل ۲۱۲» حامل رئیسی را هم ذکر کرد و افزود این بالگرد در سال ۱۹۹۴ از کانادا خریداری شده و فاقد رادار هواشناسی بوده و حداقل سه دهه در ناوگان حمل و نقل هوایی ایران کار کرده است.
او به شرایط موجود که جمهوری اسلامی به دلیل تحریم‌ها وضعیت بسامانی در نوسازی بالگرد و هواپیما ندارد هم اشاره کرد و گفت: «این موضوع هم ریسک‌های فراوانی را متوجه پرواز از حیث شاخص‌های امنیتی کرده و باعث می‌شود شرایط پروازی پرریسکی داشته باشیم.»
اولین گزارش ستاد کل نیروهای مسلح پیش‌تر و در روز سوم خرداد ۱۴۰۳ منتشر شد که در آن آمده بود «هیچ آثاری از شلیک گلوله بر بدنه بالگرد حامل رئیسی یافت نشده» و بالگرد بر اثر «برخورد با ارتفاع» دچار سانحه شده است.
نقره‌کار با متذکر شدن شرایط ایران و احتمال «خطرهای مقدر در شیطنت‌های خارجی و دشمنان» گفت: «از این منظر هم کارشناسان امنیتی باید در خصوص این پرونده اظهارنظرهای دقیق و فنی و کارشناسی ارائه دهند تا شرایط مناسبی برای پاسخ‌دهی دقیق علمی، فنی، اقناع‌گرانه و صادقانه به مردم فراهم شود.»
بالگرد حامل رییس دولت سیزدهم جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجه دولتش به همراه چند تن دیگر در روز ۳۰ اردیبهشت در جنگل دیزمار در استان آذربایجان شرقی سقوط کرد و تمامی سرنشینان این پرواز کشته شدند.
«همبستگی جمهوری‌خواهان ایران» ۱۰ خرداد در بیانیه‌ای روایت جمهوری اسلامی از سانحه هوایی برای رئیسی و همراهانش را «دارای ابهامات و تناقضات» دانست و اعلام کرد: «در صورت سقوط بالگرد رئیسی با دسیسه داخلی، خطر تشدید مناسبات مافیایی حکومت نگران‌کننده است.»